Die Askanierbrüder Otto III, und Johann l. teilten 1258 die Mark Brandenburg. Die Linie Otto I. erhielt einen Teil der Prignitz, den Barnim, den Teltow und die Zauche mit dem Hauskloster Lehnin. Der älteren johanneischen Linie fielen die Uckermark, Teile der Prignitz und das Havelland zu.

Für sie musste im Zuge der Landesteilung ein neues Haus- und Begräbniskloster geschaffen werden. 

Am 2. September 1258 stifteten die beiden Markgrafen auf der Burg Spandau - in Anwesenheit der beiden Bischöfe von Brandenburg und Kammin - das Kloster Mariensee. 

Sie bestimmten eine Insel im Parsteinsee als Standort des neuen Klosters und statteten es mit den vier Slawendörfern Chorin, Brodowin, Plawe und Pehlitz, acht Seen sowie dem Marienhospital in Barsdyn bei der Burg Oderberg aus.

Das Kloster Lehnin wurde beauftragt, die Neugründung mit einem Konvent zu besetzen. Im Jahre 1260 teilte der Abt von Lehnin die Entsendung von Mönchen nach Mariensee mit.

Als Markgraf Johann l. im Jahre 1266 starb, war der Bau der neuen Klosteranlage jedoch noch nicht vollendet. Trotzdem wurde er zunächst in Mariensee beigesetzt. Kloster Mariensee ist zwar nie fertiggestellt worden, doch nach mehrjähriger Bauzeit waren sicher beträchtliche Teile der Anlage bereits vorhanden. Zumindest mit dem Bau der dreischiffigen Basilika hatte man begonnen. 

In zisterziensischer Einfachheit errichtet, übertraf ihr gerader Chorabschluss jedoch den der Lehniner Klosterkirche in der Breite um 4,5 m. 

Wie Grabungen ergaben, brachen die Mönche die Arbeiten aber schon nach der vierten Arkade, von Osten her gesehen, ab. Zwischen dem 4. Mai 1270 und dem 1. August 1272 muss dann die Verlegung des Klosters eingeleitet worden sein. 

Die genauen Gründe dafür sind nicht überliefert. In einer Urkunde ist nur sehr allgemein von Beschwerlichkeiten die Rede, die den Brüdern in Mariensee nicht zugemutet werden könnten.

Jedenfalls scheint man den Entschluss zur Verlegung sehr plötzlich gefasst zu haben, denn in Mariensee blieben säuberlich aufgestapelte Steine zurück.

Spätestens 1273 übersiedelten die Mönche nach Chorin, wo sie eine weitere Klosteranlage errichteten. Die sterblichen Überreste Johann I. wurden nach Chorin überführt und dort beigesetzt. Vom einstigen Kloster Mariensee sind heute nur noch übermauerte Fundamentreste des Ostteils der Kirche sowie einige Pfeilerfundamente erhalten. 

Sie befinden sich auf der Halbinsel Pehlitzwerder am Südufer des Parsteiner Sees, etwa 10 km vom Kloster Chorin entfernt. Der ehemalige Klosterstandort ist zu einem idyllischen Ausflugsziel mit großen uralten Bäumen geworden. Er ist Boden-, Natur- und Kulturdenkmal, zugleich aber auch ein sehr beliebter Campingplatz in der Sommerzeit.